Farklı habitatlardan izole edilen Actinomadura, micromonospora, nocardia ve streptomyces suşlarının moleküler taksonomisi / Elif Çil; Danışman Kamil Işık

Abstract

Bu çalışmada, değişik habitatlardan üç Actinomadura, yedi Micromonospora, sekiz Nocardia ve on yedi Streptomyces’i içeren toplamda otuz beş aktinomisetin moleküler taksonomisi, PCR-RAPD, PCR-RFLP metotları, 16S rRNA, gyrB ve rpoB gen bölgelerinin nükleotit dizi analizleriyle araştırılmıştır.Test organizmalarının DNA amplifikasyon parmak izleri (RAPD) M13f evrensel primeri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen amplifikasyon ürünlerinin fragment uzunlukları 127 ve 2000 bç aralığında çeşitlilik göstermiştir.PCR amplifikasyonları yapılan test organizmalarının 16S rRNA gen bölgeleri ticari olarak temin edilen restriksiyon endonükleaz enzimleriyle kesilerek agaroz jelde görüntülendi. EcoRI, PstI ve HinP1I restriksiyon endonükleaz enzimleri amplifiye edilen 16S rRNA gen bölgesi ürünlerini keserken, NcoI restiriksiyon endonükleaz enziminde kesim gerçekleşmemiştir. EcoRI enzimi aynı sayıda ve eşit büyüklükte restriksiyon fragmentleri oluşturduğundan suşlar arasında herhangi bir farklılaşma oluşmamıştırTip örneklerinin NCBI, DDBJ ve EMBL gibi gen bankalarından elde edilen 16S rRNA nükleotit dizileri ile izolatların 16S rRNA nükleotit dizileri MEGA 4.1 programında hizalanmıştır. 16S rRNA gen bölgesi baz dizi analizi filogenetik dendogramları, least-squares, maximum-parsimony ve neighbour-joining algoritmaları ile Mega ve Phylip programlarında oluşturulmuştur.MLST analizleri; protein kodlayan iki gen olan rpoB ve gyrB gen bölgesi dizileri elde edilerek araştırılmıştır. Bu çalışmanın sonucuna göre, rpoB dizilerinden elde edilen filogenetik ağacın yapısı 16S rRNA dizisinden elde edilenle uyumlu olmasına rağmen, Micromonospora izolatlarını sınıflandırmak için kullanılan gyrB gen bölgesinin nükleotit dizisine dayalı metod, bu çalışmada uygulanan diğer moleküler tekniklerden daha kullanışı olduğu belirlenmiştir.Filogenetik analizler sonucu MD16 ve MD40 izolatlarının Streptomyces lusitanus NBRC 13464T ile, G12 ve G36 numaralı suşların Micromonospora lupini Lupac 14NT türüile MD49 izolatının Actinomadura cremea subsp. cremea’ JCM 3308T, M23 nolu izolatın da A. formosensis DSM 43997T ile yakın ilişkili olduklarını göstermiştir