Bazı nocardioform izolatların 16S rRna, rpoB ve gyrB gen dizi analizleri ile moleküler sistematiği / Fadime Özdemir Koçak; Danışman Kamil Işık

Abstract

Gordonia, Nocardia, Kribbella ve Nocardioides izolatlarının tanımlanması multilokus sekans analizleri (MLSA); 16S rRNA (16S), DNA girazın ? alt ünitesini kodlayan tip II DNA topoizomeraz (gyrB) ve RNA polimerazın ? alt ünitesini kodlayan (rpoB) bölgeleri ile gerçekleştirilmiştir. Yirmiüç nocardioform test izolattan 16’sı Nocardia, 2’si Gordonia, 4’ü Kribbella ve 1’i Nocardioides olan toprak izolatları ve akraba tip türleri çalışmaya dahil edilerek MLSA analizleri uygulanmıştır. İzolatların moleküler tiplendirilmesi, mikolik asit profili ve morfolojik özelliklerle de desteklenmiştir.İlgili gen bölgeleri için (16S rRNA, gyrB ve rpoB) tip türlerinin nükleotit sekans verileri, NCBI, DDBJ ve EMBL gibi veri bankalarından elde edilmiştir. MLSA veri seti least-squares, maximum-parsimony ve neighbour-joining algoritmlerı ile MEGA 4.1 ve PHYLIP programları kullanılarak analiz edilmiştir. Filogenetik analizlerde yüksek boostrap değerleri ile test suşları desteklenmiştir. MLSA gen bölgelerinin filogenetik analizleri sonucunda; FMN18, Nocardia speluncae’a, FSN27, N. takadensis tip türüne; FMN22, Kribbella swartbergensis’e, FSN23 K. hippodromi tip türlerine ve FMN08 nolu izolatında Nocardioides albus tip türüne akraba oldukları belirlenmiştir.MLSA yaklaşımları, toprak izolatlarının olası yeni birer tür olarak tanımlanmaları için başarıyla uygulanmış ve mevcut Nocardia, Kribbellla ve Nocardioides taksonomisine katkıda bulunması beklenmektedir. Aynı zamanda MLSA yaklaşımları, geleneksel yöntemlerle tanımlaması zor olan Nocardioform izolatların belirlenmesinde oldukça yararlı olduğu görülmüştür.