Mikolik asit içerikli aktinomisetlerden Nocardia ve Dietzia izolatlarının 16S rDNA yöntemi ile tiplendirilmesi ve antimikrobiyal aktiviteleri / Tuğba Keskin; Danışman Kamil Işık

Abstract

Bu çalışmada mikolik asit içerikli mikroorganizmaları elde etmek amacıyla 7 farklı habitatdan izolasyon çalışması yapılmıştır. İzolasyon çalışmalarında Hayakawa ve Nonomura tarafından 1987 yılında geliştirilen humik asit vitamin agar (HV) kullanılmıştır. Hem HV agar hem de sükroz gradient santrifigasyon yöntemi kullanılarak ilgili şartlarda istenilen grubun çıkma ihtimali arttırılmış ve mikolik asit içerikli aktinomiset grubu bakterilerin izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolasyon çalışmalarından elde edilen izolatların morfolojilerine öncelik verilerek mikolik asit testleri uygulanmıştır ve sadece pozitif sonuç veren organizmalar tez çalışmaları için seçilmiştir. Mikolik asit testleri sonucu belirlenen 18 test organizmanın olası yeni türler olarak araştırılması amacıyla, moleküler taksonomik yöntemlerden 16S rDNA yöntemi uygulanmıştır. 16S rDNA gen bölgesinin nükleotit dizilimi, farklı 3 oligonükleotit primeri (MG3, MG5 ve 800R) ile MacroGen firması tarafından ABI 3730XL automated sequences cihazıyla okunmuştur. Baz dizi analizleri Sequencer 4.10.1 ve Mega 4.1 (Kumar, 2008) programlarında gerçekleştirilmiştir. Ayrıca Ez Taxon Server 2.1 (Chun ve ark., 2007) kullanılarak test izolatlarına en yakın akraba olan türlerin 16S rDNA gen dizileri ilgili web adreslerinden indirilerek elde edilmişlerdir. 16S rDNA nükleotit dizilerinin çoklu hizalanması sonrasında filogenetik ağaçlar neighbor-joining (Saitou ve Nei, 1987) algoritması kullanılarak oluşturulmuştur. Analizlerin sonuçlarına göre 18 organizmanın 16’sı Nocardia cinsine ait, 2’si ise Dietzia cinsine ait olduğu belirlenmiştir. Hem Nocardia hem de Dietzia cinsine ait test organizmalarının literatüre de uyumlu olarak, ilgili cinsin tip kültürleriyle kümelendikleri görülmüştür.