Dünyanın değişik yörelerinden izole edilen Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. Zeae) izolatlarının filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi / Emine Banu Kibaroğlu; Danışman İbrahim Özkoç

Abstract

Bu çalışmada, dünyanın değişik bölgelerinden izole edilmiş, Waitea circinata var. zeae izolatları kullanılmıştır. Çalışmalar sırasında, elde edilmiş olan izolatların öncelikle kültürel morfolojisi incelenmiş, bu özelliklerin literatürde belirtilen özelliklerle uyumlu olduğu tespit edilmiştir. İzolatların morfolojik olarak değişken olduğu belirlenmiş olsa da, kültürel morfolojiye dayalı olarak Waitea circinata var. zeae içinde grup ayrımı yapılamamıştır. Makroskobik anastomoz çalışmaları Waitea circinata türü içindeki izolatlar arasında genetik bir ilişkinin varlığını göstermekle birlikte, bu özellikle ilişkili olarak grupların ayrımı yapılamamıştır. İzolatlar genetik olarak 2 farklı yöntemle değerlendirilmiştir: rDNA-ITS PCR-RFLP ve rDNA-ITS dizi analizi. Her iki yöntemde de, öncelikle ITS 1 ve ITS 4 primerleri kullanılarak rDNA-ITS gen bölgesi PCR işlemi ile çoğaltılmıştır. PCR-RFLP çalışmasında, elde edilen gen bölgesi saflaştırıldıktan sonra HhaI, MseI ve Taq?I restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. Enzimatik kesim sonucu oluşan şablonlar kullanılarak UPGMA ağacı elde edilmiştir. Elde edilen ağaç bazı izolatlar hariç grupların ayrılabildiğini ve her grup içindeki farklılıklar olduğunu göstermiştir. rDNA-ITS dizi analizi ile her bir izolatın ilgili gen bölgesinin dizileri belirlenmiş ve hizalama yapıldıktan sonra 2 farklı filogentik teknik ile analiz edilmiştir. Bu analizin sonucunda, grupların ayrımının PCR-RFLP’ye göre daha bir şekilde yapılabildiği görülmüş ve özellikle Waitea circinata var. zeae içinde 2 alt grubun olabileceği ilk kez tespit edilmiştir.