Klinik öneme sahip nocardia suşlarının nümerik taksonomisi / Evşen Aymen Peker; Danışman Kamil Işık.
Özet
Nocardia'lar aerobik, katalaz-pozitif, hareketsiz, gram boyamada gram değişkenden gram pozitife kadar sonuç veren ve tipik olarak büyüme devrinin bazı safhalarında asit-alkol dirençli mikroorganizmalardır. Klinik açıdan önemli Nocardia cinsi hücre duvarında mikolik asit içeren Mycolata grubunun bir üyesidir. Klinik öneme sahip Nocardia'larla ilgili uluslararası literatürde birçok çalışmaya rastlanılmıştır. Belirlenebildiği kadarıyla Türkiye'de Nocardia'nın nümerik taksonomisi ile ilgili önceden yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır.Türkiye'nin 10 farklı ilinden alınan toprak örnekleri ve Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji bölümünden sağlanan 37 °C'de 3 günlük inkübasyonla kanlı agarda üretilen klinik izolatlar olmak üzere, bu çalışmada iki çeşit izolat kullanıldı. Toprak örnekleri dilüsyon plak yöntemiyle incelendi ve her bir seyreltme cycloheximide (50 mg ml-1) ve rifampicin (0.5 mg ml-1) ilaveli kuru nişasta-kazein agar üzerine transfer edilerek 14 gün boyunca 25 °C'de inkübe edildi. Nümerik analizler için 69 toprak test izolatı, 7 klinik örnek, 15 tip örneği, 7 referans suş ve rastgele seçilen 10 duplike suştan oluşan toplam 108 test organizmasına 149 birim karakter içeren morfolojik, pigmentasyon, fizyolojik, beslenme, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmıştır. Elde edilen test sonuçları, X-Taxon programında SSM-UPGMA analizleri ile değerlendirilmiş ve kümelemeler NTSys-pc programı ile elde edilmiştir. % 80 yüksek benzerlik değeriyle anlamlı bir şekilde toprak ve klinik örneklerinin dağılımını veren SSM-UPGMA analizleri sınıflandırmada temel olarak kullanılmıştır. Yüksek test hatalı testler ve duplikat suşların çıkarılmasıyla 131 birim karakter ve 98 test organizmasından oluşan son veri matriksi, 6 büyük (5-17 suş), 8 küçük (2-4 suş) ve 30 tek üyeli kümeye ayrılmıştır.
