Rizosferden izole edilen antimikrobiyal aktiviteli streptomyces'lerin nümerik taksonomisi / Derya Gürel; Danışman Nevzat Şahin.
Özet
Bu çalışmada; ağaç ve çalı formundaki Acasia dealbata, Albizia distachya, Colutea arborescens, Gladitsia triancanthos, Medicago arborea, Sophora japonica, Spartium junceum, Tipuana tipu ve Wisteria sinensis baklagillerin rizosferlerinden, antimikrobiyal aktiviteli Streptomyces'lerin izolasyonu ve nümerik taksonomisi yapılmıştır.Dilüsyon plak tekniği ile seyreltilen toprak örneklerinden 0.2 ml alınarak, cycloheximide (50 µg/ml), nystatin (50 µg/ml) ve rifampicin (0.5 µg/ml) ilaveli nişasta-kazein agar üzerine transfer edilen izolasyon plakları, 25oC'de 14 gün süreyle inkübe edilmiştir. Test izolatlarının seçimi, antimikrobiyal aktivite testine göre yapılmış olup, izolasyon sonrası saflaştırılan ve morfolojik olarak Streptomyces violaceusniger clade dışında kalan 85 rizosfer izolatı ile Doğramacı (2005)'nın çalışmasında kullandığı S. violaceusniger kümesi üyelerinden rastgele seçilmiş 12 rizosfer izolatından oluşan toplam 97 izolat, Gram (+) Bacillus subtilis ve Staphylococcus aureus; Gram (-) Pseudomonas aeruginosa ve Escherichia coli; Candida albicans ve filametli fungus Aspergillus niger olmak üzere 6 test organizmanın gelişmelerini inhibe etme kabiliyetlerine göre yayma plak tekniği kullanılarak incelenmiştir. Antimikrobiyal aktivite gösteren 42 rizosfer izolatı, oatmeal agar üzerinde renk gruplaması testine tabi tutulmuş ve oluşan renk gruplarından seçilen 37 rizosfer izolatı, test izolatları olarak belirlenmiştir.Nümerik analizler için, 37 test izolatı, 7 S. violaceusniger clade üyesi ve 25 nötrofilik-mezofilik tip örneği ile bunlardan rastgele seçilmiş 7 duplike suştan oluşan toplam 76 test suşu, 126 birim karakter içeren morfolojik, besinsel, biyokimyasal, degredasyon, fizyolojik ve antimikrobiyal aktivite testlerine tabi tutulmuştur. Test sonuçlarının X-Taxon programında analiziyle elde edilen son veri matriksi, SSM-UPGMA algoritmine göre NTSys-pc programıyla kümelendirilmiştir. % 85 benzerlik seviyesinde gerçekleşen bu kümelenmeye göre, 3 büyük (6-7 suş), 5 küçük (2-4 suş) ve 35 tek üyeli küme (SMC) oluşmuştur.
