DNA sekans analiz sistemiyle nontüberküloz mikobakteri türlerinin tanımlanması / Keramettin Yanık ; Danışman Murat Günaydın

Abstract

Mikobakteri genusu hayvan ve insanlarda hastalık oluşturulabilen ve çecrede yaygın olarak bulunan 100'den fazla türü içerir.Bu genus içerisinde Mycobacterium tuberculosis kompleks'in haricindeki mikobakteriler Mycobacteria other than tuberculosis (MOTT) olarak adlandırılır.MOTT basilleri özellikle immünsüprese hastalarda çevreden bulaş veya kolonizasyon yoluyla giderek artan ciddi enfeksiyonlar oluşturur.Özellikle son yıllarda 'Acquired Immunodeficiency Syndrome' insidansının artması ve kanser tedavisiyle kemoterapötik ilaç kullanımının yaygınlaşması MOTT enfeksiyonlarının görülme sıklığını daha da artmıştır.Bu artışla birlikte MOTT enfeksiyonlarının doğru ve erken tanısı daha da önemli hale gelmiştir. Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında klasik ve moleküler metotlar birlikte kullanılır.MOTT enfeksiyonlarının klinik tanısı zor olup etkenin tür düzeyinde tanımlanmasında klasik yöntemler uzun zaman içinde sonuçlanır ve yeterli tanımlama sağlamaz.Bu nedenle son yıllarda MOTT basillerinin tanısında hızlı ve güvenilir moleküler yöntemler tercih edilmektedir.Bu yöntemlerden biri olan DNA dizi analizi diğer moleküler yöntemlere göre daha ayrıntılı bilgi verir ve daha fazla mikobakteri türünü tanımlar.Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmalarında genellikle 16S rRNA veya DNA, hsp65, recA, sodA, gyrB, rpoB, 16S-23S interspace gen bölgeleri kullanılmaktadır. Çalışmamızda Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezi Mikobakteri Referans Labaratuvar'larında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 59 MOTT türü çalışıldı.16S rRNA ve hsp65 gen bölgelerinden elde edilen DNA dizi verilerinin ayrı ayrı ve birlikte değerlendirilmesi sonucunda MOTT türleri tanımlandı.Her iki gen bölgesinin ayrı ayrı ve birlikte MOTT tanısındaki başarısının gösterilmesi amaçlandı.DNA dizi analizi için ABI 310 analizör kullanıldı.