Numerical classifi cation of streptomycetes isolated from karstic caves in Turkey

Abstract

Bu çalışmada Türkiye’ nin 19 karstik mağarasından toplam 290 aktinomiset izolatı elde edilmiş olup bunlardan 131 tanesi morfolojik ve pigmentasyon özelliklerine göre nümerik sınıfl andırma çalışmaları için seçilmiştir. Temsilci izolatlar, referans Streptomyces suşları ile biyokimyasal, fi zyolojik, besinsel ve morfolojik taksonomik karakterlerine bağlı olarak toplam 134 birim karakter açısından karşılaştırılmıştır. Elde edilen veriler basit benzerlik katsayısı (SSM) ile değerlendirilmiş ve X-Taxon ve NTSys-pc programları ile Complete algoritması kullanılarak kümelenmiştir. Test suşları 9 büyük (5-11 suş), 18 küçük (2-4 suş) ve 31 tek üyeli küme oluşturmuştur. Ümit verici bir sonuç olarak, 4 tanesi dışında test edilen tüm mağara izolatları referans Streptomyces suşlarından farklı kümelerde yer almıştır. Bu çalışma, Türkiye’deki karstik mağaralarda aktinomisetlerin dağılımı ile ilgili ilk çalışmadır.

In the present study, a total of 290 actinomycetes isolates were obtained from 19 karstic caves in Turkey. Out of these, 131 were chosen for numerical classifi cation studies according to their morphology and pigmentation properties. Representative isolates were compared with the reference Streptomyces strains based on their various taxonomic characteristics such as biochemical, physiological, nutritional, and morphological, totalling 134 unit characters. Th e data were evaluated using simple matching coeffi cients (SSM), and clustering achieved using the Complete algorithm by X-Taxon and NTSys-pc programs. Th e test strains were assigned to 9 major (5-11 strains), 18 minor (2-4 strains), and 31 single membered clusters. As an encouraging result, all cave isolates tested in the present study were grouped in diff erent clusters from reference Streptomyces strains except for 4 of them. Th is is the fi rst report concerning the distribution of actinomycetes in karstic caves in Turkey.