Alhagi pseudoalhagi ve Colutea arborescens rizosferinden streptomyces'lerin izolasyonu ve polifazik tekniklerle tanımlanması / Aysel Veyisoğlu; Danışman Nevzat Şahin

Abstract

Bu çalışmada, Alhagi pseudoalhagi ve Colutea arborescens rizosferindenStreptomyces cinsi üyelerinin izolasyonu ve polifazik taksonomileri yapılmıştır.Dilüsyon plak tekniği uygulanan izolasyonda cycloheximide (50?g ml), nystatin(50?g ml) ve rifampicin (0.5?g ml) ilaveli nişasta kazein agar üzerinde 0.1ml toprakdilüsyonu ilave edilen izolasyon plakları 28°C’de 14 gün inkübe edildi. İzolasyon plaklarından saflaştırılan 17 izolat farklı besi ortamlarındaki morfolojik, kültürel vepigmentasyon özelliklerine göre karakterize edildi.Test organizmalarına nümerik analizler için toplam 48 birim karakterden oluşanbesinsel, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmış, sonuçlar NTSys-pcprogramında Jaccard-UPGMA algorithmasına göre analiz edilmiştir.PCR amplifikasyonları yapılan test organizmalarının 16S rRNA gen bölgeleriEcoR I, Pst I ve Sau3 AI restriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesimigerçekleştirilmiştir. Pst I, test organizmalarında iki ya da üç fragment oluşturarakarklılaşma sağlarken EcoR I ve Sau3 AI tüm test organizmalarında aynı sayı vebüyüklükte fragmentler verdiğinden farklılaşma sağlamamıştır.RAPD-PCR fragmentleri bakımından M13f universal primeri ile PCRamplifikasyonları gerçekleştirilen test organizmalarında filogenetik ve nümerikanalizlerle uyumlu farklılaşma görülmüştür.Test izolatlarının 16S rRNA gen bölgeleri nükleotid dizileri ile NCBI, RDP-IIRDP, DDBJ ve EMBL gibi databanklardan elde edilen Streptomyces tip türleri 16SrRNA nükleotid dizileri PHYDIT programında karşılaştırmalı olarak dizilenmiştir. 16SrRNA nükleotid dizi analizi filogenetik dendogramı, last-squares, maximum-parsimonyve neighbour-joining algorithmleri phylip programı kullanılarak oluşturulmuştur