Mycobacterium tuberculosis tanısında polimeraz zincir reaksiyonu tekniğinin kullanımı / Sezgin Güneş; Danışman Hasan Bağcı.
Özet
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), kültüre göre daha kısa sürede cevap vermesi nedeniyle Mycobacterium tuberculosis'in tanısında kullanıldı. Polimeraz zincir reaksiyonunda kullanılan primeler bu bakteriye has olan insertion Sequence 6110 (IS6110)'a ait olup 123 baz çifti uzunluğunda bir bölgenin çoğaltılmasında kullanıldılar. 31 balgam, 20 idrar, 5 parasentez, 4 torasentez, 3 periton mayi ve 1 plevral mayi olmak üzere toplam 64 örnek çalışıldı. Balgam örneklerinin dekontaminasyonu N-asetil-L-sistein-NaOH,diğer örneklerin dekontaminasyonu ise NaOH-Sodyum nitrat yöntemiyle yapıldı. Kaynatma yöntemiyle elde edilen DNA, polimeraz zincir reaksiyonunda kullanıldı. 19 örnek PCR pozitif, 46 örnek PCR negatif olarak bulundu. ARB (aside-alkole rezistan basil) pozitif örneklerin sayısı 30, ARB negatif örneklerin sayısı ise 30'dur. Kültür sonuçlarına göre 17 örnek kültür pozitif, 31 örnek ise kültür negatifti. Polimeraz zincir reaksiyonunun duyarlılığı (sensitivity) %94, özgüllüğü (specificity) ise %79 olarak hesaplandı. Standart suş M. tuberculosis H37 Rq'dan elde edilen DNA ile yürütülen PRC'nun Escherichia coli ve Staphylococcus aureus DNA'larınınvarlığında (1 g'dan az olduğunda) normal olarak çalıştığı görüldü. Standart H37 Rq suşu DNA'sının farklı konsantrasyonlarının PCR ile çoğaltılmasıyla elde edilen sonuçlara göre içinde yaklaşık olarak 8 M. tuberculosis genomuna eşdeğer miktarda DNA bulunduran biyolojik materyallerde basilin varlığının gösterilmesinin mümkün olduğu bulundu.
