Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması

Abstract

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), kültüre göre daha kısa sürede cevap vermesi nedeniyle Mycobacterhım taberculosis'in tanısında kullanıldı. Polimeraz zincir reaksiyonunda kullanılan primerler bu bakteriye özgül olan Insertion Sequence 6110 (1S6110)'a ait olup 123 baz çifti uzunluğunda bir bölgenin çoğaltılmasında kullanıldılar.31 balgam, 20 idrar, 5 parasentez, 4 torasentez, 3 periton mayi ve l bronkiyal lavaj olmak üzere 64 örnek çalışıldı. Balgam örneklerinin dekontaminasyonu N-asetil-L-sistein-NaOH. diğer örneklerin dekontaminasyonu ise NaOH-Sodyum sitrat yöntemiyle yapıldı. Kaynatma yöntemiyle elde edilen DNA, polimeraz zincir reaksiyonunda kullanıldı. 33 örnek PCR pozitif, 31 örnek PCR negatif olarak bulundu. ARB (aside-alkole rezistan basil) pozil.il' örneklerin sayısı 30, ARB negatif örneklerin sayısı ise 30'clu. Kültür sonuçlarına göre 17 örnek kültür pozitif, 31 örnek ise kültür negatifti. Polimeraz zincir reaksiyonunun du-yarlılığı %94, özgüllüğü ise %79 olarak hesaplandı. Standart sus M. tuberculosis H37Rq'daıı elde edilen DNA ile yürütülen PCR'ın Escherichia colive Slaphylococcus aureus DNA'larmın varlığında (lug'dan az) bile normal olarak çalıştığı görüldüğü.Standart suş DNA'sının farklı konsantrasyonlarının PCR ile çoğaltılmasıyla elde edilen sonuçlara göre içinde yaklaşık olarak 8 M. tuberculosis genomuna eşdeğer miktarlarda DNA bulunduran biyolojik materyallerde basilin varlığının gösterilmesinin mümkün olduğu bulundu. Sonuç olarak. PCR'ın tüberküloz tanısında kullanılabilecek hızlı, duyarlı ve özgül bir yöntem olduğu gösterildi.

Comparison of The Myobacterium Tuberculosis with The Conventional Methods Polymerase chain reaction (PCR), due to its faster response than culture was used for the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis. Amplification reactions were performed using primers that amplify a 123 bp fragment of Insertion Sequence 6110 (IS6110) specific to M. tuberculosis. A total of 64 samples were tested by PCR. The type (number) of specimens tested as fallows: sputum (31), urine (20), perisentez (5), torosentez (4), peritoneal fluid (3) and broncial washing (1). Sputum samples were decontaminated by N-acetyl-L-cystelne-NaOH, other samples were decontaminated by NaOH-Na citrate method. The DNA used in PCR was obtained by boiling. 33 samples were found positive with PCR arid 30 samples were negative with PCR. 30 samples were smear positive and 30 samples were smear negative. 17 samples were culture positive and 30 samples were culture negative. The sensitivity and specificity were 94% and 79%, respectively. Polymerase chain reaction run with the DNA isolated from standart M. tuberculosis strainH37Rq was working normally in the presence of DNAs (less than 1 ug) of Escherichia coli and Siaphylococcus aureus. The detection limit for PCR was determined by making serial dilituons of DNA from the standart M. tuberculosis H37Rq strain. The detection limit of M. tuberculosis H37Rq strain was found to be as low as 8 M. tuberculosis genome eqivalents of DNA in biological samples.