Typing of some clinically significant Nocardia strains using a digoxigenin-labelled rdna gene probe

Abstract

Bu çalışmada ribotyping metodu, Nocardia cinsine ait bakterilerin ayırtedilmesinde, taksonomik bir yöntem olarak uygulanmıştır. Toplam 21 Nocardia suşu, Streptomyces violaceoruber TK21 suşundan elde edilen digoksijeninle işaretlenen ribosomal DNA probu ve EcoRV endonukleaz enziminin birlikte kulanılmasıyla açık bir şekilde birbirlerinden ayırtedilebilmişlerdir. Herbiri 1.2 ile 20.7 kb ölçüm değerinde ve 4 ile 8 fragmente sahip birbirinden ayrılan beş ribotip belirlenmiştir. Sonuçların değerlendirilmesi, N. pseudobrasiliensis dışında N. brasiliensis, N. farcinica, N. otitidiscaviarum ve N. seriolea'nın taksonomik olarak iyi tanımlanmış türler olduĞunu gösterdi. Böylelikle, ribotyping tekniğinin klinik önemi olan Nocardia'nın sınıflandırılmasında faydalı bilgiler sağladığı sonucuna varılabilmektedir.

In this study, ribotyping (restriction polymorphism ribosomal RNA analyses) was applied as a taxonomic tool for bacteria belonging to the genus Nocardia. A total of 21 Nocardia strains were clearly distinguished using a combination of EcoRV gene restriction endonuclease patterns together with a digoxigenin-labelled Streptomyces violaceoruber TK21 rDNA probe. Five distinct ribotypes were identified, and each ribotype contained 4 to 8 restriction fragments ranging in size from 1.2 to 20.7 kb. The evaluation of the results showed that N. brasiliensis, N. farcinica, N. otitidiscaviarum and N. seriolea are taxonomically well-established species, except N. rasiliensis. Therefore, it can be concluded that ribotyping technique provide a useful information for the classification of clinically significant Nocardia.